A origem da cidade de São Sebastião teve início com o povoamento Salomé há mais ou menos duzentos e cinquenta anos, "Salomé" originou-se da junção dos sons das palavras sal e mel, mercadorias transportadas pelos tropeiros que circulavam muito pela região.

Por ser localizada em entroncamento bastante movimentado, próximo da fronteira Alagoas/Sergipe e cidades prósperas como Penedo e Palmeira dos Índios (hoje a cidade próxima mais desenvolvida é Arapiraca) serviam muitas vezes de pouso. Tendo o tropeiro José Luiz, fixado residência, constituído família e instalado no local uma hospedaria, sendo por muitos anos o único morador da região.

A fertilidade das terras chamou a atenção de criadores e agricultores de outras regiões, descobrindo-se sua vocação para a agricultura. Desenvolveram-se as lavouras de algodão, fumo, amendoim (exportado em grande quantidade para Aracaju) e toda uma lavoura de subsistência. O povoado desenvolveu. Os proprietários de terra asseguravam o desenvolvimento do comércio, os escravos nas festas difundiam viola e o berimbau. As mulheres distraiam-se jogando bilros e de suas mãos habilidosas surgiram belíssimas rendas. O que até hoje caracteriza o município como "terra das rendas de bilro". 

Em 1890 foi construída a igreja de Nossa Senhora da Penha, padroeira da Cidade que se comemora em 8 de setembro. O progresso foi chegando de forma célebre, moradores ilustres como Manoel Dionísio, Belo, Manoel Jandaia, Padre Caetano, Manoel Correia, Antonio Abílio e outros se uniram para articular o desmembramento do povoado do município de Igreja Nova. Em 31 de maio de 1960 ocorreu a emancipação política, através da lei 2.229 e, em homenagem ao santo e ao governador da época Sebastião Muniz Falcão, foi dado ao povoado de Salomé o nome de São Sebastião.